Per il 2009 la Yamaha presenta la MT-01 SP, una versione in edizione limitata con una serie di innovazioni alla ciclistica e al design.
Una delle novità tecniche più importanti è l'adozione delle sospensioni Ohlins. La nuova forcella con steli da 43 mm è stata sviluppata espressamente per questo modello. L'ammortizzatore posteriore Ohlins ha un serbatoio separato che mantiene elevata l'efficacia dell'azione di assorbimento.

 La MT-01 SP monta di serie gomme Pirelli Diablo Rosso, rispettivamente 120/70-17 e 190/50-17, pneumatici sportivi che offrono un grande grip e un ottimo comportamento in curva, anche sul bagnato.
Il manubrio a sezione variabile è più massiccio, e la piastra di sterzo è lavorata a macchina. Il diametro del manubrio cresce da 25,4 mm a 28,6 mm.
Novità anche sul piano estetico: serbatoio biancorosso, parafango anteriore rosso e  logo cromato MT sul serbatoio. La nuova sella rossonera e i cerchi verniciati oro sottolineano un design esclusivo e sofisticato.
Altri particolari significativi sono la pellicola protettiva sullo scarico in metallo vivo, e le cromature supplementari su componenti selezionati del telaio e del motore.