Qualunque delle due versioni ci si appressi a guidare, appena in sella si nota il manubrio alto, quasi un "drag bar" dritto montato su una coppia di riser molto alti. Alle estremità, i blocchetti elettrici sono completi e funzionali al pari degli specchi retrovisori, sebbene quelli della FZ1 appaiano meno riusciti rispetto a quelli della Fazer.

Poco più avanti, su entrambe le versioni è alloggiato il completo e moderno pannello della strumentazione multifunzione: esso comprende un tachimetro digitale (a sinistra) e un contagiri analogico. Il pannello, che all'avviamento (l'antifurto immobilizer è di serie) si retroillumina gradualmente, offre un regolatore di luminosità come quello offerto sulla R1.
Per spostare il baricentro in avanti e migliorare il controllo offerto sul mezzo, si è scelto di accorciare il serbatoio del carburante (che però risulta particolarmente largo) rispetto alla precedente versione, installando al contempo una sella che consenta più ampi movimenti in senso longitudinale. Le pedane sono più alte ed arretrate rispetto alla versione 2005.

Il muscoloso codino prevede un piccolo vano allocato sotto la porzione di sella riservata al passeggero. Proprio tale porzione è provvista di appiglio per il passeggero sulla FZ1, mentre la Fazer può vantare una coppia di ampi e comodi maniglioni.

Alla fine di una giornata intera di guida delle Yamaha sulle strade della California settentrionale, tutti i tester presenti sarebbero stati pronti a scommettere che la FZ1 e la Fazer fossero due moto radicalmente diverse, nonostante le smentite dei tecnici.
Il fatto innegabile è che, evidentemente, la presenza o meno del cupolino influisce  tanto anche sulla distribuzione dei pesi e sul carico aerodinamico da caratterizzare fortemente le due versioni: spiccatamente sportiva la FZ1, appena meno reattiva ma ben più votata all'uso turistico la Fazer.

Il propulsore, identico su entrambe, è dotato di una buona coppia motrice che consente una guida disinvolta anche senza "tirare le marce", sebbene la rapportatura piuttosto lunga (i primi quattro rapporti sono identici a quelli della R1, ma quinta e sesta sono state accorciate) costringa ad un uso costante del cambio sul misto stretto. La spinta è vigorosa sempre, ma si fa energica solo dopo i 6.000 giri e dà il meglio di sè fino ai 9.000 per poi distendersi, accompagnata dall'urlo del quattro cilindri, sino a quota 11.000 giri.

Dal punto di vista ciclistico, la rigidezza del telaio e le sospensioni tarate in modo decisamente sportivo consentono una guida disinvolta anche quando si vuole forzare, sebbene ciò vada a scapito del comfort di marcia sul fondo sconnesso. L'avantreno, caricato al punto da sembrare persino un po' pesante, rassicura il pilota e contribuisce alla generale sensazione di grande stabilita riscontrata su entrambe le versioni, anche quando si spalanca il gas.
Buona la protezione aerodinamica offerta dalla Fazer, sulla quale abbiamo riscontrato, accanto ad una generale assenza di vibrazioni, lievi risonanze a livello del cupolino. Dignitosa la sistemazione offerta al passeggero, che può contare sugli ampi maniglioni a lui dedicati.

Il motore della FZ1, pur derivato strettamente da quello della R1 2006, ha una potenza massima limitata a 150 CV a 11.000 giri (25 in meno rispetto alla “sorella” sportiva), mentre il valore di coppia massima erogata resta invariato: ben 106 Nm a 8.000 giri. Per ottimizzare il raffreddamento di questo propulsore è stato installato un ampio radiatore con doppia ventola, curvo per consentire il montaggio ravvicinato alla ruota anteriore.
Il quattro cilindri in linea di 998 cc ha conservato numerosi elementi rispetto alla versione “da pista”: carter motore, pistoni, cilindri e teste sono identici, così come anche i corpi farfallati Mikuni da 45 mm, ciascuno con singolo iniettore e doppia valvola a farfalla. Quest'ultima costituisce un'innovazione importante, giacchè il precedente modello era alimentato da una batteria di carburatori BSR37.
Il rapporto di compressione è stato ridotto (11,5:1 contro il 12,4:1 della R1) e la massa inerziale dell’albero motore accresciuta, per migliorare l’erogazione ai regimi intermedi.
Il profilo meno spinto delle camme e il sensore per il monitoraggio dell’apertura del gas, inoltre, contribuiscono ad addolcire il carattere di questa naked.

Tutto nuovo anche l'impianto di scarico, del tipo 4 in 2 in 1 senza camera di espansione, dotato di valvola Ex-Up e del caratteristico terminale di scarico ultracorto che ingloba un catalizzatore a 3 vie.

Uno degli imperativi progettuali è stato quello di creare una naked in cui la guidabilità fosse paragonabile a quella della R1. Così, si è cercato di ovviare al problema comune a molte moto di questo tipo (che finiscono per essere eccessivamente cariche sul retrotreno) avanzando la posizione in sella e trasferendo il peso sulla ruota anteriore: ciò per evitare eccessivi alleggerimenti dell’avantreno in fase di accelerazione e migliorare il controllo del mezzo.
Lo splendido telaio Deltabox in fusione d'alluminio a doppio trave diagonale è tutto nuovo, ed è stato abbinato ad una forcella Kayaba con steli rovesciati da 43mm (regolabile in compressione ed estensione) ed al forcellone di alluminio, in grado di ospitare l’imponente pneumatico da 190/50.
Proprio il forcellone, particolarmente lungo (50 mm più del precedente) e dotato di capriata di rinforzo, è stato realizzato con la nuova tecnologia Yamaha di pressofusione a riempimento controllato.

L’impianto frenante sfrutta un doppio disco flottante anteriore da 320 mm con pinze a quattro pistoncini, ed un elemento posteriore da 245 mm con pinza a pistoncino singolo.

Motore: 4 cilindri in linea trasversali a 4 tempi, raffreddamento a liquido, alesaggio per corsa 77,0x53,6 mm; cilindrata 998 cc, rapporto di compressione 11,5:1. Distribuzione bialbero a camme in testa con comando a catena e 5 valvole per cilindro. Alimentazione a iniezione elettronica con doppie farfalle, diametro corpi farfallati 45 mm. Capacità serbatoio carburante 18 litri (di cui 3,4 di riserva). Lubrificazione a carter umido.

Trasmissione: primaria ad ingranaggi, finale a catena (2,647). Frizione multidisco in bagno d’olio con comando meccanico. Cambio a sei marce.

Ciclistica: telaio a doppio trave diagonale in alluminio; sospensione anteriore, forcella rovesciata da 43 mm regolabile nel freno in compressione ed in estensione, escursione ruota 130 mm; sospensione posteriore, forcellone con monoammortizzatore regolabile nel precarico, escursione ruota 130 mm. Cerchi: anteriore 17x3,5”, posteriore 17x6,0”. Pneumatici: anteriore 120/70-ZR17, posteriore 190/50-ZR17. Freni: anteriore a doppio disco flottante in acciaio da 320 mm e pinze a 4 pistoncini, posteriore a disco singolo in acciaio da 245 mm e pinza a singolo pistoncino.

Dimensioni (mm) e peso: lunghezza 2.140, larghezza 770, altezza sella 815, interasse 1.460. Peso a secco 199 kg (194 kg per la FZ1).

Prestazioni dichiarate: potenza 110,3 kW (150 CV) a 11.000 giri, coppia 106 Nm (10,8 kgm) a 8.000 giri.