Le modifiche apportate alla versione 2003 della FJR (agli Americani è presentata in questi giorni come modello 2004) consistono nell'adozione dell'ABS, nella maggiorazione dei dischi anteriori del freno, nell'integrazione alla carenatura degli indicatori di direzione anteriori, in un vano portaoggetti aggiuntivo ricavato nella carenatura, in un parabrezza più alto, infine in una nuova, inevitabile, veste cromatica.


Scendendo nei dettagli, l'ABS della FJR 1300 previene, tramite sensori connessi ad una centralina che agisce sull'impianto frenante della moto, il bloccaggio di entrambe le ruote. L'impianto frenante è stato a sua volta potenziato adottando dischi flottanti di 320 mm di diametro e una pompa Brembo di nuovo disegno sulla ruota anteriore. Le pinze, le stesse della Yamaha R1, sono state riposizionate e ciò ha comportato la modifica dei foderi della forcella, che ha ricevuto anche ritocchi alla taratura idraulica. Anche la molla del monoammortizzatore della sospensione posteriore è stata rivista.


Il parabrezza, registrabile elettricamente senza soluzione di continuità, è stato ridisegnato nel profilo per una miglior efficienza aerodinamica e ne è stata incrementata l'altezza di ben 40 mm. Sollevato al massimo, ha un'angolazione di 23° invece dei 18° del modello 2002.
Gli indicatori di direzione anteriori sono stati integrati nella carenatura, eliminando quindi i bracci di supporto e migliorando l'aerodinamica della moto. L'ultima versione della FJR 1300 è inoltre corredata di antifurto elettronico tipo "Immobilizer" che agisce sull'impianto di iniezione. Una spia di inserimento dell'antifurto è stata inserita nel cruscotto assieme ad un'altra che segnala l'efficienza dell'ABS.
Un nuovo vano portaoggetti si trova ora nella parte interna della carenatura; è chiuso da un coperchio, con ammortizzatori a molla, che si può aprire solo quando il motore è in moto col cambio in folle.

Motore: a 4 tempi, quadricilindrico in linea frontemarcia, raffreddamento a liquido, alesaggio e corsa 79 x 66,2 mm, cilindrata 1.298 cc, rapporto di compressione 10,8:1; distribuzione a doppio albero a camme in testa con punterie a bicchiere, 4 valvole per cilindro; lubrificazione a carter umido. Alimentazione: iniezione elettronica; capacità serbatoio 25 litri. Accensione elettronica digitale. Doppio contralbero di equilibratura. Avviamento elettrico.
Trasmissione: primaria a ingranaggi; frizione multidisco in bagno d'olio, comando idraulico; cambio a 6 rapporti; finale ad albero.
Ciclistica: telaio a doppio trave perimetrale in lega leggera. Sospensione anteriore: forcella teleidraulica ultraregolabile con steli di 48 mm, escursione 120 mm; sospensione posteriore: ad articolazione progressiva con forcellone in lega leggera e monoammortizzatore regolabile nel freno idraulico in estensione e nel precarico molla, escursione 135 mm. Ruote: anteriore in lega leggera da 17", pneumatico 120/70ZR17; posteriore in lega leggera da 17", pneumatico 180/55ZR17. Freni: anteriore a doppio disco flottante di 320 mm, pinze a 4 pistoncini contrapposti; posteriore a disco da 282 mm, pinza a 2 pistoncini contrapposti.
Dimensioni e peso: interasse 1515 mm, lunghezza 2.195 mm, larghezza 758 mm, altezza sella 805 mm. Peso a secco 237 kg.
Prestazioni: potenza 145 CV (106,6 kW) a 8.500 giri, coppia 12,8 kgm (125,5 Nm) a 6.000 giri. Omologazione Euro-2: sì