La considerevole riduzione delle masse che è uno dei biglietti da visita della 1199 Panigale è stata ottenuta innanzitutto grazie alla nuova ciclistica: il nuovo motore Superquadro, dotato di cambio elettronico Quick Shift, è stato incastonato in un inedito telaio monoscocca fissato direttamente alla testa del motore. Questa struttura, nella parte anteriore, alloggia due boccole in alluminio nelle quali sono inseriti i cuscinetti del cannotto di sterzo. Oltre ad assolvere alla funzione classica di telaio, il monoscocca funge anche da airbox: al suo interno sono infatti alloggiati, oltre al filtro dell'aria, i corpi farfallati ed il circuito carburante completo di iniettori.
Al contenimento dei pesi contribuiscono anche l'adozione di un telaietto anteriore in magnesio come sostegno al gruppo ottico e al cupolino, il riposizionamento dell'impianto di scarico (ora è sotto il motore), che ha reso più leggero il telaio reggisella in lega di alluminio, e il nuovo serbatoio in alluminio da 17 litri.
La 1199 Panigale è equipaggiata con nuove pinze monoblocco Brembo M50 a quattro pistoncini, più compatte, rigide e leggere (- 0,5 kg totali), abbinate ai dischi da 330 mm. A richiesta (di serie solo sulla Tricolore) sarà disponibile l'ABS disinseribile di ultima generazione 9ME Bosch che, in modalità Race, consente l'iniziale deriva del posteriore in frenata all'ingresso di curva nell'uso in pista. È inoltre previsto un sistema di rilevamento del "sollevamento del posteriore", attivo in modalità Sport e potenziato in modalità Wet.
La gestione dell'elettronica è affidata alla strumentazione TFT: grafica e informazioni fornite variano in base al Riding Mode (Race, Sport o Wet) prescelto.
I cerchi a 10 razze utilizzati sulla Panigale garantiscono un risparmio di peso di 0,5 kg; la 1199 S e la Tricolore sfoggiano invece cerchi Marchesini a 3 razze forgiati.

La 1199 Panigale è equipaggiata con la nuova forcella Marzocchi pressurizzata a steli rovesciati da 50mm, testata nell'off-road. La forcella presenta un interasse maggiorato, tipico delle moto da corsa del Mondiale Superbike: grazie a questo accorgimento, anche i dischi freno sono montati in posizione allargata consentendo un raffreddamento ottimale in ogni condizione.
La sospensione posteriore è affidata ad un mono Sachs completamente regolabile, montato lateralmente: così il gruppo è facilmente accessibile per le regolazioni del precarico molla e altezza da terra. Inoltre, l'intero sistema è stato concepito per consentire una regolazione del leveraggio ed ottenere così due diverse caratteristiche della sospensione: da "progressiva" per l'uso stradale con passeggero a bordo, a lineare ("flat"), idonea all'uso in pista.
Sulla 1199 Panigale S e Tricolore compaiono i Riding Mode Ducati: le due versioni sono infatti dotate del sistema DES (Ducati Electronic Suspension) di Öhlins sia all'anteriore che al posteriore. La forcella anteriore Öhlins NIX30 da 43mm e' regolabile elettronicamente in compressione ed estensione mentre la regolazione del precarico e' manuale. Il pacchetto elettronico è completato da un ammortizzatore di sterzo regolabile. La sospensione posteriore Öhlins TTX36 utilizza tecnologia a doppio tubo TTX per consentire la regolazione separata del freno in compressione ed estensione riducendo il rischio di cavitazione in condizioni estreme. Il gruppo è interamente regolabile elettronicamente in compressione ed estensione mentre la regolazione del precarico molla è manuale.
La gestione delle regolazioni delle sospensioni elettroniche è possibile sia tramite i Riding Mode sviluppati dai collaudatori Ducati, sia in modalità indipendente, per consentire al pilota di personalizzare e salvare le proprie impostazioni.