Dalla naked MT-09 nasce la hyper naked che aggiunge le lettere SP, una sigla riservata solo alle Yamaha più esclusive. L'aspetto esteriore è personalizzato dalla colorazione bicolore, dalle ruote a 10 razze, oltre che dalle leve e dal manubrio neri, ma a cambiare è soprattutto la sostanza, in particolare le sospensioni. Il monoammortizzatore di serie è rimpiazzato da un Öhlins con una completa possibilità di regolazioni effettuabili attraverso la manopola esterna. Cambia anche la forcella, con entrambi gli steli regolabili.