La Yamaha YZF-R1 sveste i panni della supersportiva per indossare quelli della super naked MT-10, allargando verso l'alto la famiglia delle Muscle Torque.
Il design quasi "robotico" del gruppo ottico si sposa con la zona centrale muscolosa e protesa in avanti, dove spicca il serbatoio da 17 lt e i due condotti per l'aria che vanno ad ossigenare il propulsore. Quest'ultimo è lo stesso quattro cilindri in linea della R1 da 998 cc, rivisto per avere una migliore risposta ai medi e bassi regimi e adattarsi a un uso più stradale.

La frizione è dotata di antisaltellamento, mentre tra i congegni elettronici trovano posto la gestione elettronica dell'acceleratore, la gestione delle prestazioni del motore tramite 3 mappature, il controllo di trazione e un inaspettato cruise control (attivabile in 4ª, 5ª e 6ª marcia), il che fa pensare che in futuro potrebbe arrivare una MT-10 in versione sport tourer.
Di derivazione R1 anche la ciclistica, che mantiene il forcellone in alluminio e il telaio a doppia trave, sempre in alluminio, ma con geometrie di sterzo ridisegnate.
L'interasse è di soli 1.400 mm, valore inferiore rispetto a tutta la concorrenza diretta e che, sulla carta, parla di doti dinamiche votate ad una agilità accentuata. Le sospensioni Kayaba regolabili hanno tarature specifiche e l'impianto frenante (doppio disco da 320 mm all'anteriore e singolo da 220 mm al posteriore) ha di serie l'ABS. Presenti anche una presa da 12V, mentre il quick shifter è optional. Disponibile da maggio 2016.